Η Σμαραγδή Αντωνοπούλου είναι απόφοιτος του Τμήματος Χημείας του ΕΚΠΑ και εκπόνησε τη διδακτορική της διατριβή στο Εργαστήριο Χημείας Τροφίμων και Βιοχημείας του ΕΚΠΑ. Διετέλεσε επιστημονικός συνεργάτης και έμμισθο μέλος ερευνητικών προγραμμάτων του Εργαστηρίου Χημείας Τροφίμων και Βιοχημείας έως το διορισμό της το 1998, στη βαθμίδα της Επίκουρης Καθηγήτριας Βιοχημείας στο Τμήμα Επιστήμης Διαιτολογίας-Διατροφής του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου. Από το 2008 υπηρετεί στη βαθμίδα της Καθηγήτριας, έχει διατελέσει Αντιπρύτανης Οικονομικού Προγραμματισμού και Ανάπτυξης (2004-2011), Πρόεδρος του Τμήματος Επιστήμης Διαιτολογίας-Διατροφής (2004-2008 και 2010-2012), Κοσμήτορας της Σχολής Επιστημών Υγείας και Αγωγής (2016-2020), μέλος του Συμβουλίου του ΧΠ (2012-2016) και Διευθύντρια του Εργαστηρίου Βιολογίας, Βιοχημείας και Φυσιολογίας του Aνθρώπου και των Mικροοργανισμών (2004-2017).
Το ερευνητικό της έργο περιλαμβάνεται σε περισσότερες από 138 δημοσιεύσεις σε διεθνή επιστημονικά περιοδικά με κριτές (>5.650 αναφορές, h-index=42), σε 7 κεφάλαια σε διεθνείς συλλογικούς τόμους και 2 κεφάλαια σε ελληνικούς συλλογικούς τόμους, σε 3 άρθρα σχολιασμού μετά από πρόσκληση στην ιστοσελίδα της International Atherosclerosis Society–Nutrition, σε 13 δημοσιεύσεις σε ελληνικά επιστημονικά περιοδικά και σε πάνω από 220 ανακοινώσεις σε διεθνή και ελληνικά συνέδρια. Συμμετέχει σε 5 Διπλώματα Ευρεσιτεχνίας ΟΒΙ και σε ένα Διεθνές Δίπλωμα Ευρεσιτεχνίας. Έχει επιβλέψει την εκπόνηση 10 διδακτορικών διατριβών, περισσότερες από 20 διπλωματικές εργασίες μεταπτυχιακών φοιτητών, μεγάλο αριθμό διπλωματικών εργασιών προπτυχιακών φοιτητών, καθώς και 3 μεταδιδακτορικούς ερευνητές. Επιπλέον, έχει συντονίσει και διαχειριστεί επιτυχώς σημαντικό αριθμό προγραμμάτων, 1 Ευρωπαϊκό (FP5), 7 συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα (Γ’ΚΠΣ και ΕΣΠΑ) και 10 προγράμματα χρηματοδοτούμενα από ιδιώτες.